剧情承接上一季，安兹以耶·兰提尔为根据地建立了“安兹·乌尔·恭魔导国”，但却使安兹陷入了烦恼的境地。他作为一个国家的国王，该如何引导这个国家呢？ 在雅儿贝德、迪米乌哥斯等优秀的NPC们不眠不休地工作下，魔导国现在成了一个安全且没有饥饿的地方。但是，在那里生活的人们至今仍抱有恐惧和不安，街道像火熄灭了一样安静，失去了曾经的活力。在找不到答案的情况下，安兹一个人访问了冒险者工会，并向工会主席艾因扎克提出一个建议……
POLYPHONICA是一个被称为“精灵”的生命也存在的异世界。与地球上存在的世界同属于平行世界，从地球被POLYPHONICA大陆传唤的人类也在这个世界生活。POLYPHONICA大陆的科学水平是地球的现代～近未来的水准，与地球现代科学产物同样的东西也基本存在以外，所谓的未来城市也一样存在。与之平行的是，借助演奏“神曲”的精灵力量这样的技术体系也同时发展着。似乎在这个世界隐藏着极大的秘密，精灵和人类不知不觉就面临着真相揭晓的那个时候……
被各国分割统治的中世纪的神州·日本。在那上空中由八艘船组成的都市舰“武藏”航行着……在遥远的未来。经过了“重奏统合争乱”，并把联繫着人类的命运的“圣谱”作为原本历史的再现而执行的各国。然后，是各式各样把迷惑与决意藏于胸口，前进开拓着未来的人们。把互相重合的中世纪世界作为舞台，学生们在学园国家间的抗争正式上演了！
故事以只有女性能使用的世界最強兵器「Infinite Stratos（IS）」為中心，在女尊男卑的世界中，主角「織斑一夏」雖然身為男生卻能夠操縱 IS，為此他被強制進入培育 IS 操縱者的學校「IS 學園」，周圍理所當然也都是女性，而女生們也對這位「世上唯一能夠使用 IS 的男性」感到興趣，就此展開了許多趣味橫生的學校生活。
人称「红色彗星」的吉翁公国军王牌驾驶员夏亚·阿兹纳布尔，以及他的妹妹塞拉·玛斯。以决定两人命运的悲剧之始为背景，掌握Side3实权并统率公国的扎比家，兰巴·拉尔与黑色三连星等在「一年战争」中活跃的吉翁军名将们年轻时的勇姿，改变战况的人型机动兵器「机动战士」的开发秘闻，与地球联邦军之间的摩擦以及开战经过……等等这些「一年战争」以前的故事，初次以影像形式展现出来。
为了保护少女们的安全、而被杀死的椎名和也，作为贵族的第三子——凯因‧冯‧西尔弗特，转生到了梦中所见的那个剑与魔法的世界。按照这个世界的习惯，凯因在五岁时候接受了洗礼，得到了众神的加护…然而因为得到了太多的神之加护，反而超越常人成为了『神之使徒』？
当一个人面临人生中的重要选择之时，头上便会竖起旗帜，而表面看似平凡的少年旗立飒太（逢坂良太 配音），却因为一场意外而获得了能够看见这些旗帜的特异功能。某日，飒太转入了世界闻名遐迩的贵族学校私立旗谷学园，在这里，会发生怎样有趣的故事呢？ 傲娇毒舌的公主菜波（木户衣吹 配音），温柔内向的魔法泽茜（芽野爱衣 配音），高贵难以接近的圣帝小路美森（田村由香里 配音），成熟贤惠的青梅竹马召唤寺菊乃（阿澄佳奈 配音），英姿飒爽的盗贼山惠（花泽香菜 配音），在这些可爱女孩子们的包围下，一场有笑有泪的戏剧正式拉开了帷幕。
本动画由《座敷童子》《海坊主》《无脸怪》《鵺》《化猫》五个故事组成，背着一个大药箱、持着一把退魔之剑的卖药郎（樱井孝宏 配音）是每一个故事的联结者。妖怪的形成，是由人类的种种因缘引起的；要想拔出退魔之剑，就必须要凑齐“形、真、理”。“形”即由人的因缘所引起的妖怪的形态；“真”即事件的真相；“理”即当事人心里真实的想法。 雨夜里，一名怀孕女子来到旅馆投宿，老板娘将她安排到一个从不住人的房间里。同时，有个追杀此名女子的男人也来到旅馆。不久后，奇怪的事情发生了。卖药郎得知妖怪的“形”乃怨灵“座敷童子”，而“真”和“理”究竟是……在卖药郎的询问下，老板娘说出了多年的真相，原来这家旅馆的前身是青楼，而这个房间，竟然是……
高中女生奈绪（名冢佳织 配音）隶属摄影部，她喜欢捕捉云和风。一天，她在学校天台拍照时，看见一只飞天猫，随即天空居然下起了“猫雨”，震惊之余她不慎失足坠楼。出乎意料的是，从高空中摔下的她竟毫发无损。原来是拥有操纵风的能力的风使——大气老师救了她，而那只猫之所以会飞也是因为它懂得操纵风。得知大气老师回乡参加祭典后，奈绪和好朋友美纪（花村怜美 配音）以及同班男生阿润（入野自由 配音）一起来到风使之乡找他，向他学习风的知识，老师却一口回绝。目睹了震撼人心的风之祭典后，奈绪似乎更加了解风…… 本动画围绕着奈绪的日常展开，她的高中生活也许平平凡凡，然而故事里有风。
一日，普通的女高中生元宫茜（川上友子 配音），以及好友森村天真（关智一 配音）和流山诗纹（宫田幸季 配音）三人被一枚红叶传送到了遥远的“京”。在那里，人们称茜为“白龙神子”，她能够使用自己体内寄存的龙神之力来保护京都免受恶灵的骚扰。而所谓的八叶，分别代表了四青龙和四白虎，他们的任务是围绕在神子身边，保护神子安危。同时，温柔可人的藤公主（大谷育江 配音）也尽着自己微薄的力量照顾茜的起居。 在那个时空中，维持气流稳定的四神被鬼族夺走了，鬼王亚克拉姆（置鲇龙太郎 配音）更是显出了真身向茜发起了挑衅。为了防止结界被破坏，茜必须和鬼王战斗，并且夺回四神。可是随着时间的推移，亚克拉姆逐渐被茜身上的单纯和正直打动，而茜也被亚克拉姆的神秘身世深深吸引，处于善恶两端的他们，能否拥有圆满的结局呢？
美术大学五人组的故事仍在继续。竹本（神谷浩史 配音）结束了寻找自我的单车之旅，在盛放烟火的晚上对阿久（工藤晴香 配音）说出了那句“我喜欢你。”山田（高桥美佳子 配音）依旧陷在单恋真山（杉田智和 配音）的泥沼中，野宫（滨田贤二 配音）的出现成了泥沼里一株逃脱的稻草；真山则继续追寻着理花（大原沙耶香 配音），胜利的曙光在不远处；森田（上田佑司 配音）和阿久，两个天才的兮兮相惜，能否换来最后的相守。 时间在四季轮回中流逝，微小的变化一点点积攒成为不可忽视的转折点。五人都面临着新的人生，各奔东西。已逝去的奇迹般的岁月，并不会消失，而成为永久的回忆，在内心转动。改编自同名漫画的《蜂蜜与四叶草》故事也走向终点，但对于他们，这则是新的起点。
故事发生在1931年的上海，第一次世界大战让各个国家都是一副满目疮痍的面孔，在战火和硝烟之后，存在着一个从未被载入史书的秘密组织，人们称它为“樱井机关”。这个组织收纳了一群拥有着特异功能的成员们，他们依靠着各自的能力，解决着发生在当时的各种各样疑难案件。 个性开朗作风轻浮的三好葵（吉野裕行 配音）、心高气傲刻板固执的伊波葛（浪川大辅 配音）、温文尔雅的千金大小姐苑树雪菜（生田善子 配音）以及其貌不扬对雪菜忠心耿耿的键谷枣（星野贵纪 配音），他们穿梭在死亡和危险之中，并且最终无法自持的被卷入了一个惊人的秘密之内。
鬼畜属性的芥辺（浪川大辅 配音）表面上只是个普通侦探，实际却是召唤恶魔解决众多难题的恶魔侦探。作为助手的工读生佐隈玲子（佐藤利奈 配音）在芥辺的事务所工作2个月之后，芥辺终于向玲子展示了自己召唤恶魔的超能力。玲子也借此机会进入了恶魔的世界。芥辺通过召唤不同的恶魔来处理侦探事务所的委托，但他所召唤的恶魔基本上都是有着各种缺陷的笨蛋。有职能为淫奔的下级恶魔阿萨谢尔（小野坂昌也 配音），他的特技为性骚扰。有职能为暴露的恶魔贵族贝西卜931世（神谷浩史 配音），他的爱好是吃排泄物。还有职能为嫉妒的温蒂妮•惠（小林优 配音），她深深迷恋着主人芥辺，对玲子抱着莫名其妙的敌意，是个十足的抖M。事务所每日的委托应接不暇，但正如芥辺所说，借助恶魔的力量也终究不会变得幸福，本人或其亲近的人一定会遭到应得的报应。
