冷酷无情的邪恶组织参谋，某天遇见了与之对抗的魔法少女，然后对魔法少女一见锺情了。从此邪恶参谋在策划统治世界时也不忘买甜点蛋糕送魔法少女吃、在计划奴役人类时也不忘关心魔法少女、在壮大邪恶组织势力的同时也不忘和魔法少女打情骂俏。同事来帮忙就扯同事的后腿、部下抓住魔法少女就放 走魔法少女，一场最残忍最傲娇最悲戚最可爱的正与邪的搞笑战斗，在此揭开序幕！
故事以只有女性能使用的世界最強兵器「Infinite Stratos（IS）」為中心，在女尊男卑的世界中，主角「織斑一夏」雖然身為男生卻能夠操縱 IS，為此他被強制進入培育 IS 操縱者的學校「IS 學園」，周圍理所當然也都是女性，而女生們也對這位「世上唯一能夠使用 IS 的男性」感到興趣，就此展開了許多趣味橫生的學校生活。
然而─── 这群人的真实身份，是与企图毁灭世界的神秘灾难抗争的 英雄。 通过现场演出 让人们为之狂热，并集结这份力量而战。 但由于表面上看起来只是演出， 世人并不知道这群人是英雄。
“我被冥界拉黑了，所以死不了。”因为某种原因，他被冥界禁止入内，无法回归冥界。为了回到冥界，他开始将幽灵拥有的“灯火”收集到自己的灯笼里。这个神秘的“自称仙人”——鼹鼠（百暗桃弓木），行踪诡异。据说，遇到他的人会开始看见一些奇怪的事物……
七濑武（宫野真守 配音）是一名看似十分淡漠，内心里也却是冷若冰霜的少年。曾经不堪回首的往事让他选择封闭自己的内心，不透露出丝毫的感情。虽然一直克制着自己的情绪，但七濑武又时时能够感受到内心里还在燃烧的火焰。一次偶然中，七濑武在校园里遇见了一名昏倒在地上的少女，善良的七濑武将少女带到了保健室，得知她名叫相羽六（东山奈央 配音）。 让七濑武没有想到的是，他和相羽六的相遇彻底改变了自己的人生轨迹。相羽六在误打误撞之中将七濑武变为了魔法使。之后，七濑武的青梅竹马五十岛胡桃（濑户麻沙美 配音）、同班同学伊田一三（铃村健一 配音）和保健老师兵头七海等人纷纷拥有了能够使用魔法阵的能力。
19世纪英国—— 名门贵族凡多姆海夫家的执事塞巴斯蒂安·米卡埃利斯与13岁的主人夏尔·凡多姆海夫一起作为“女王的看门狗”承包了背面社会的污秽工作。 有一天，女王给夏尔寄来了一封信，信中说，在英国首屈一指的名门寄宿学校威斯顿公学上学的亲属德里克等多个学生失去了音信。 塞巴斯蒂安和夏尔为了调查事件潜入威斯顿公学。事件的真相是…？
在人类和人造人共存的世界—— 人造人少女 Ruge 与搭档 Naomi 一起，在火星上执行某项任务。 任务内容是，“消灭与政府敌对的 9 名人造人”。 人造人少女 Ruge 的战斗故事由此展开——
本动画由《座敷童子》《海坊主》《无脸怪》《鵺》《化猫》五个故事组成，背着一个大药箱、持着一把退魔之剑的卖药郎（樱井孝宏 配音）是每一个故事的联结者。妖怪的形成，是由人类的种种因缘引起的；要想拔出退魔之剑，就必须要凑齐“形、真、理”。“形”即由人的因缘所引起的妖怪的形态；“真”即事件的真相；“理”即当事人心里真实的想法。 雨夜里，一名怀孕女子来到旅馆投宿，老板娘将她安排到一个从不住人的房间里。同时，有个追杀此名女子的男人也来到旅馆。不久后，奇怪的事情发生了。卖药郎得知妖怪的“形”乃怨灵“座敷童子”，而“真”和“理”究竟是……在卖药郎的询问下，老板娘说出了多年的真相，原来这家旅馆的前身是青楼，而这个房间，竟然是……
一日，普通的女高中生元宫茜（川上友子 配音），以及好友森村天真（关智一 配音）和流山诗纹（宫田幸季 配音）三人被一枚红叶传送到了遥远的“京”。在那里，人们称茜为“白龙神子”，她能够使用自己体内寄存的龙神之力来保护京都免受恶灵的骚扰。而所谓的八叶，分别代表了四青龙和四白虎，他们的任务是围绕在神子身边，保护神子安危。同时，温柔可人的藤公主（大谷育江 配音）也尽着自己微薄的力量照顾茜的起居。 在那个时空中，维持气流稳定的四神被鬼族夺走了，鬼王亚克拉姆（置鲇龙太郎 配音）更是显出了真身向茜发起了挑衅。为了防止结界被破坏，茜必须和鬼王战斗，并且夺回四神。可是随着时间的推移，亚克拉姆逐渐被茜身上的单纯和正直打动，而茜也被亚克拉姆的神秘身世深深吸引，处于善恶两端的他们，能否拥有圆满的结局呢？
《黑礁第二季》承接了第一季《黑礁》的故事内容，于2006年10月2日 - 12月18日在日本播出。
2022年4月より第二部放送予定です
