小丸子是一名小学二年级的女生，她活泼、好动、懒惰、什么事情都拖到最后一刻才做、学习不认真、成绩平平、经常和姐姐斗气、爱幻想、做事没恒心……在小丸子身上我们或多或少都看到了自己童年的影子。如果小丸子算是一个“怪人”的话，那么她的周围可谓“怪人”多多，有点神经质的班长丸尾同学、权利欲极强的女副班长、经常和小丸子一起疯的爷爷，讨人厌的宾治同学等等，这群性格各异、精力充沛的小孩、大人们，每天都在演绎着生活的趣事，伴随着小丸子一天天长大。
安达樱（鬼头明里 配音）是学校里公认的不良少女，常常逃课偷懒。这一天，安达照例翘掉了无聊的体育课，却在体育馆二楼遇见了同样也翘了课的岛村抱月（伊藤美来 配音）。就这样，两个本来并不是太熟的女生开始了她们的交往，两人一起聊天、打保龄球、唱卡拉OK，她们都发现对方的身上有着和自己惊人相似的个性，喜好和对事物的看法也空前的一致。 随着时间的推移，安达发现自己的眼神总是不受控制的锁定在岛村的身上，后者的一举一动竟然能让自己脸红心跳芳心大动，安达明白，自己对岛村怀有的感情早已经超越了友谊。那么，对于两人的关系，岛村是怎么想的呢？
住在踯躅台的高中1年级生响裕太，某天醒来后失去了记忆。 之后，裕太与旧电脑里显现出来的“Hyper Agent·古立特”相遇了。 古立特告诉裕太“去完成使命”，而裕太则开始寻找这番话的意义以及自己的记忆。 虽然对这一突发事件感到困惑，裕太仍然在同班同学内海将以及宝多六花、新条茜等人的帮助下过着每一天。 然而，平稳的日常被突然现身的怪兽轻易地踏碎——。
POLYPHONICA是一个被称为“精灵”的生命也存在的异世界。与地球上存在的世界同属于平行世界，从地球被POLYPHONICA大陆传唤的人类也在这个世界生活。POLYPHONICA大陆的科学水平是地球的现代～近未来的水准，与地球现代科学产物同样的东西也基本存在以外，所谓的未来城市也一样存在。与之平行的是，借助演奏“神曲”的精灵力量这样的技术体系也同时发展着。似乎在这个世界隐藏着极大的秘密，精灵和人类不知不觉就面临着真相揭晓的那个时候……
人称「红色彗星」的吉翁公国军王牌驾驶员夏亚·阿兹纳布尔，以及他的妹妹塞拉·玛斯。以决定两人命运的悲剧之始为背景，掌握Side3实权并统率公国的扎比家，兰巴·拉尔与黑色三连星等在「一年战争」中活跃的吉翁军名将们年轻时的勇姿，改变战况的人型机动兵器「机动战士」的开发秘闻，与地球联邦军之间的摩擦以及开战经过……等等这些「一年战争」以前的故事，初次以影像形式展现出来。
“我被冥界拉黑了，所以死不了。”因为某种原因，他被冥界禁止入内，无法回归冥界。为了回到冥界，他开始将幽灵拥有的“灯火”收集到自己的灯笼里。这个神秘的“自称仙人”——鼹鼠（百暗桃弓木），行踪诡异。据说，遇到他的人会开始看见一些奇怪的事物……
“minimum”——小小的奇迹，是极少部分人类先天拥有的特殊能力。本作主人公奈斯（逢坂良太 配音）和紫（羽多野涉 配音）就是异能持有者，奈斯拥有“灵长类最快的一步”，紫则拥有“怪力”的能力。两人组成了一个侦探组合，将“No-where”咖啡店的一角作为事务所，接受各种委托。他们经历了诱拐女大学生、连续猎奇杀人、中小学生持枪打劫等各类棘手事件。奈斯和紫调查某起案件时，发现奈斯的挚友、警察官亚特（神谷浩史 配音）也正在追查，他们发现案件的被害人有一个共同点，那就是他们都是“minimum”持有者。危机四伏又险象横生的异能少年侦探故事，就这样开始！ 本动画改编自小玉有起的同名漫画作品。
七濑武（宫野真守 配音）是一名看似十分淡漠，内心里也却是冷若冰霜的少年。曾经不堪回首的往事让他选择封闭自己的内心，不透露出丝毫的感情。虽然一直克制着自己的情绪，但七濑武又时时能够感受到内心里还在燃烧的火焰。一次偶然中，七濑武在校园里遇见了一名昏倒在地上的少女，善良的七濑武将少女带到了保健室，得知她名叫相羽六（东山奈央 配音）。 让七濑武没有想到的是，他和相羽六的相遇彻底改变了自己的人生轨迹。相羽六在误打误撞之中将七濑武变为了魔法使。之后，七濑武的青梅竹马五十岛胡桃（濑户麻沙美 配音）、同班同学伊田一三（铃村健一 配音）和保健老师兵头七海等人纷纷拥有了能够使用魔法阵的能力。
在純白的北極雪原，一隻大白熊（公）遇見了他命中註定的對象─一隻海豹（公）！溫馨又令人小鹿亂撞（各種意義上）的情景接連出現，大白熊的戀情能否開花結果呢？潔白無瑕的愛情故事，此刻揭開序幕！
高中女生奈绪（名冢佳织 配音）隶属摄影部，她喜欢捕捉云和风。一天，她在学校天台拍照时，看见一只飞天猫，随即天空居然下起了“猫雨”，震惊之余她不慎失足坠楼。出乎意料的是，从高空中摔下的她竟毫发无损。原来是拥有操纵风的能力的风使——大气老师救了她，而那只猫之所以会飞也是因为它懂得操纵风。得知大气老师回乡参加祭典后，奈绪和好朋友美纪（花村怜美 配音）以及同班男生阿润（入野自由 配音）一起来到风使之乡找他，向他学习风的知识，老师却一口回绝。目睹了震撼人心的风之祭典后，奈绪似乎更加了解风…… 本动画围绕着奈绪的日常展开，她的高中生活也许平平凡凡，然而故事里有风。
これは、夢と希望の物語(ただのクソ)―。
《黑礁第二季》承接了第一季《黑礁》的故事内容，于2006年10月2日 - 12月18日在日本播出。
